- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.vcf files (11): server/catgenome/src/test/resources/templates/Felis_catus.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/samples.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/test.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/ex2.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/extra_chr.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/unsorted.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/1000-genomes.chrMT.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/Dream.set3.VarDict.SV.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/file_test/extended_info.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/sample_2-lumpy.vcf server/catgenome/src/test/resources/templates/extended_info.vcf - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.map files (11): server/catgenome/src/main/resources/static/miew/css/vendors.dcc939559d43c127e64c.css.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/css/miewer.3ce3ce853d64736da9be.css.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/three.afc68302367b273ebc3a.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/miewer~runtime.89e3ec9d8208c30320d4.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/react.1126a6a0a1aba1e4bc6e.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/antd.e1ee20647b6a9e4f8543.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/lodash.20d754bfd849e40873e4.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/miew.80ea2aed12e7daebe3af.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/miewer-terminal.ba3f5d14ca9611248afa.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/miewer.684eece122684ae0d3d8.js.map server/catgenome/src/main/resources/static/miew/js/vendors.94c1efb1cfe349100c97.js.map - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.tsv files (8): server/catgenome/src/test/resources/dgidb/interactions.tsv server/catgenome/src/test/resources/pharmgkb/relationships.tsv server/catgenome/src/test/resources/pharmgkb/genes.tsv server/catgenome/src/test/resources/pharmgkb/drugLabels.tsv server/catgenome/src/test/resources/pharmgkb/drugLabels.byGene.tsv server/catgenome/src/test/resources/heatmap/cell_annotation.tsv server/catgenome/src/test/resources/heatmap/heatmap.tsv server/catgenome/src/test/resources/heatmap/label_annotation.tsv - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.fa files (8): server/catgenome/src/test/resources/templates/dm606.X.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/A3.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/Test2.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/protein/reference.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/double_chr.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/Test_wg.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/reference/hp.genome2.fa server/catgenome/src/test/resources/templates/reference/hp.genome.fa - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.fai files (7): server/catgenome/src/test/resources/templates/Test2.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/protein/reference.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/Test_wg.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/dm606.X.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/reference/hp.genome.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/reference/hp.genome2.fa.fai server/catgenome/src/test/resources/templates/A3.fa.fai - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.png files (7): docs/md/release-notes/2.6/images/blat_region_highlighting.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/show_full_file_name.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/add_hyphenation.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/blat_search_results.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/dbSNP.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/fixed_text_strings_overlap.PNG docs/md/release-notes/2.6/images/vcf_as_annotation.PNG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *. files (6): docker/demo/Dockerfile docker/core/Dockerfile LICENSE server/ngb-cli/gradlew server/catgenome/src/test/resources/ncbi/gene2ensembl gradlew - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.tbi files (6): server/catgenome/src/test/resources/templates/trioDup.vcf.gz.tbi server/catgenome/src/test/resources/templates/Felis_catus.tbi server/catgenome/src/test/resources/templates/fake_gtf_index.tbi server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted.bed.tbi server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted.gtf.tbi server/catgenome/src/test/resources/templates/CantonS.vcf.gz.tbi - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gtf files (5): server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted.gtf server/catgenome/src/test/resources/templates/Felis_catus.Felis_catus_6.2.81.gtf server/catgenome/src/test/resources/templates/Homo_sapiens.GRCh38.83.sorted.chr21-22.gtf server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted_2.gtf server/catgenome/src/test/resources/templates/mrna.sorted.chunk.gtf - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gff files (5): server/catgenome/src/test/resources/templates/protein/genes_with_translation.gff server/catgenome/src/test/resources/templates/protein/genes.gff server/catgenome/src/test/resources/templates/genes.gff server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/unsorted.gff server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/extra_chr.gff - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bed files (4): server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted.bed server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/unsorted.bed server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/extra_chr.bed server/catgenome/src/test/resources/templates/example.bed - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bai files (2): server/catgenome/src/test/resources/templates/header_without_SO.bam.bai server/catgenome/src/test/resources/templates/agnX1.09-28.trim.dm606.realign.bam.bai - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bam files (2): server/catgenome/src/test/resources/templates/agnX1.09-28.trim.dm606.realign.bam server/catgenome/src/test/resources/templates/header_without_SO.bam - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.maf files (2): server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/unsorted.maf server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/extra_chr.maf - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bw files (2): server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/invalid.bw server/catgenome/src/test/resources/templates/agnX1.09-28.trim.dm606.realign.bw - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.yaml files (2): docs/mkdocs.yml .appveyor.yml - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.idx files (2): server/catgenome/src/test/resources/templates/Felis_catus.vcf.idx server/catgenome/src/test/resources/templates/Felis_catus.idx - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.cif files (1): server/catgenome/src/test/resources/pdb/test.cif - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.sbgn files (1): server/catgenome/src/test/resources/pathway/Glycolysis.sbgn - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.dmp files (1): server/catgenome/src/test/resources/taxonomy/names.dmp - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bdgg files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/invalid/invalid.bdgg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.narrowpeak files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/NarrowPeak.narrowPeak - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.genepred files (1): server/catgenome/src/test/resources/genepred/cat.genepred - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.seg files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/test_seg.seg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.singularity files (1): singularity/ngb.singularity - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gff3 files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/genes_sorted.gff3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.development files (1): export-templates/target-identification/.env.development - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gpk files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/GappedPeak.gPk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.bdg files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/bedGraph.bdg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.broadpeak files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/BroadPeak.broadPeak - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gbf files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/KU131557.gbf - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.env files (1): export-templates/target-identification/.env - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.icns files (1): desktop/icons/icon_NGB.icns - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.vg files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/x.vg - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.gbk files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/KU131557.gbk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.flowconfig files (1): client/.flowconfig - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - *.tagalign files (1): server/catgenome/src/test/resources/templates/tagAlign.tagAlign - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -