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*.tsv files (15):

src/integrationTest/resources/fastqSingleNotTumorOrCase.tsv
src/integrationTest/resources/bamListSingleNotTumorOrCase.tsv
src/integrationTest/resources/fastqSingle.tsv
src/integrationTest/resources/immuneFastqList.tsv
src/integrationTest/resources/bamListSampleNotNA.tsv
src/integrationTest/resources/fastqPaired.tsv
src/integrationTest/resources/fastqPairedControlSampleNotNAForPostAlignment.tsv
src/integrationTest/resources/fastqPairedControlSampleNotNA.tsv
src/integrationTest/resources/scRnaExpression_CellRanger_RNASeq_SampleFastqPaths.tsv
src/integrationTest/resources/hlaTyping_WES_fastqList.tsv
src/integrationTest/resources/fastq_list.tsv
src/integrationTest/resources/fastq_list_paired_case_na.tsv
src/integrationTest/resources/bamListOneSample.tsv
src/integrationTest/resources/fastq_list_for_TcrRepertoire.tsv
src/integrationTest/resources/bamList.tsv
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*.r files (6):

src/main/R/QC_summary_analysis.R
src/main/R/dna_rna_mutation_data_analysis.R
src/main/R/scRna_CellRanger_expression_data_analysis.R
src/main/R/rna_expression_data_analysis.R
src/main/R/merge_data_matrix.R
src/main/R/parse_options.R
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*. files (2):

LICENSE
gradlew
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*.yaml files (2):

.appveyor.yml
.github/workflows/fonda-ci.yml
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*.config files (1):

lombok.config
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