modules/chempy/protein

#A* ------------------------------------------------------------------- #B* This file contains source code for the PyMOL computer program #C* copyright 1998-2000 by Warren Lyford Delano of DeLano Scientific. #D* ------------------------------------------------------------------- #E* It is unlawful to modify or remove this copyright notice. #F* ------------------------------------------------------------------- #G* Please see the accompanying LICENSE file for further information. #H* ------------------------------------------------------------------- #I* Additional authors of this source file include: #-* #-* #-* #Z* ------------------------------------------------------------------- normal = { 'ALA': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '1HB' , } , } , 'CYM': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , } , } , 'CYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'SG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'CYX': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASH': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD2' , 'HD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE2' , 'HE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PHE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HZ' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLY': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HA' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , '3HA' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HN' : 'H' , '1HA' : '3HA' , '2HA' : 'HA' , 'HA1' : '3HA' , 'HA2' : 'HA' , 'HA3' : '3HA' , } , } , 'HIP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HIE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HE2' : '2HE' , 'HE1' : '1HE' , 'HD2' : '2HD' , 'HD1' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HID': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HD2' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ILE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD11' : '1HD1' , '1HG1' : '3HG1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG11' : '3HG1' , 'CD' : 'CD1' , 'HG21' : '1HG2' , 'HD1' : '1HD1' , 'HD2' : '2HD1' , 'HD3' : '3HD1' , } , } , 'LYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NZ' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NZ' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , 'HD1' : '3HD' , '1HE' : '3HE' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HG' : '3HG' , 'HZ1' : '1HZ' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HE3' : '3HE' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , 'HE1' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , } , } , 'LEU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD11' : '1HD1' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD23' : '3HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'MET': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SD' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'SD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE3' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HG' : '3HG' , 'HE1' : '1HE' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND2' : { 'symbol' : 'N' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'ND2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PRO': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CB' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , '1HG' : '3HG' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'GLN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'NE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE21' : '1HE2' , 'HE22' : '2HE2' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ARG': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH2' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH1' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HE' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH1' , 'CZ' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , '1HD' : '3HD' , 'HH12' : '2HH1' , 'HH21' : '1HH2' , 'HH22' : '2HH2' , 'HG1' : '3HG' , 'HH11' : '1HH1' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , '1HB' : '3HB' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'SER': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'OG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'THR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG' , 'OG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG1' : '1HG' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'VAL': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG11' : '1HG1' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'TRP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'NE1' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ3' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE3' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CH2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HH' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CZ2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ2' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'CZ2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH2' , 'CZ2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HH' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ3' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'CZ3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE3' , 'CZ3' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HE' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HZ' : '3HZ' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE3' : '3HE' , 'HH2' : '2HH' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'TYR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HH' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OH' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OH' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HH' , 'OH' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HA2' : 'HA' , 'HN' : 'H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'NME': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CH3' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , '1HH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , '2HH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , '3HH3' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'HH32' : '2HH3' , 'HH33' : '3HH3' , 'HH31' : '1HH3' , 'C01' : 'CH3' , 'CA' : 'CH3' , 'N01' : 'N' , 'H01' : 'H' , 'HN' : 'H' , 'H02' : '1HH3' , 'H03' : '2HH3' , 'H04' : '3HH3' , '1HA' : '1HH3' , '2HA' : '2HH3' , '3HA' : '3HH3' , } , } , 'ACE': { 'atoms' : { 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '3HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CH3' : { 'symbol' : 'C' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HH3' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'CH3' , '1HH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , '2HH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , '3HH3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH3' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , } , 'aliases' : { 'HH32' : '2HH3' , 'HH33' : '3HH3' , 'HH31' : '1HH3' , 'CA' : 'CH3' , '1HA' : '2HH3' , '2HA' : '3HH3' , '3HA' : '1HH3' , 'CA' : 'CH3' , } , } , } n_terminal = { 'ALA': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '1HB' , } , } , 'CYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'SG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'CYX': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASH': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD2' , 'HD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE2' , 'HE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PHE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HZ' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLY': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HA' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , '3HA' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , '1HA' : '3HA' , '2HA' : 'HA' , 'HA1' : '3HA' , 'HA2' : 'HA' , 'HA3' : '3HA' , } , } , 'HIP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HIE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HE2' : '2HE' , 'HE1' : '1HE' , 'HD1' : '2HD' , 'HD2' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HID': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HD2' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ILE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD11' : '1HD1' , '1HG1' : '3HG1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG11' : '3HG1' , 'CD' : 'CD1' , 'HG21' : '1HG2' , 'HD1' : '1HD1' , 'HD2' : '2HD1' , 'HD3' : '3HD1' , } , } , 'LYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NZ' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NZ' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , 'HD1' : '3HD' , '1HE' : '3HE' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HG' : '3HG' , 'HZ1' : '1HZ' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HE3' : '3HE' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , 'HE1' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , } , } , 'LEU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD11' : '1HD1' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD23' : '3HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'MET': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SD' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'SD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE3' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HG' : '3HG' , 'HE1' : '1HE' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND2' : { 'symbol' : 'N' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'ND2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PRO': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '3H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '2H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CB' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '3H' , '2H' : '2H' , '3H' : '3H' , 'H3' : '3H' , 'H2' : '2H' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , '1HG' : '3HG' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'GLN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'NE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE21' : '1HE2' , 'HE22' : '2HE2' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ARG': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH2' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH1' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HE' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH1' , 'CZ' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , '1HD' : '3HD' , 'HH12' : '2HH1' , 'HH21' : '1HH2' , 'HH22' : '2HH2' , 'HG1' : '3HG' , 'HH11' : '1HH1' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , '1HB' : '3HB' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'SER': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'OG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'THR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG' , 'OG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG1' : '1HG' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'VAL': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG11' : '1HG1' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'TRP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'NE1' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ3' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE3' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CH2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HH' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CZ2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ2' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'CZ2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH2' , 'CZ2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HH' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ3' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'CZ3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE3' , 'CZ3' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HE' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HZ' : '3HZ' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE3' : '3HE' , 'HH2' : '2HH' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'TYR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , '2HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HT' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HT' : { 'symbol' : 'H' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HH' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OH' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , '1HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '2HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , '3HT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OH' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HH' , 'OH' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { '1H' : '1HT' , '2H' : '2HT' , '3H' : '3HT' , 'HT1' : '1HT' , 'HT2' : '2HT' , 'HT3' : '3HT' , 'H1' : '1HT' , 'H3' : '3HT' , 'H2' : '2HT' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , } c_terminal = { 'ALA': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '1HB' , } , } , 'CYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'SG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'CYX': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SG' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASH': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OD2' : { 'symbol' : 'O' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD2' , 'HD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE2' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE2' , 'HE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PHE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'HZ' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'GLY': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HA' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , '3HA' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , '1HA' : '3HA' , '2HA' : 'HA' , 'HA1' : '3HA' , 'HA2' : 'HA' , 'HA3' : '3HA' , } , } , 'HIP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HIE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HE2' : '2HE' , 'HE1' : '1HE' , 'HD2' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'HID': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'ND1' : { 'symbol' : 'N' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'ND1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'ND1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE2' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CD2' , 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HD2' : '2HD' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ILE': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD11' : '1HD1' , '1HG1' : '3HG1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG11' : '3HG1' , 'CD' : 'CD1' , 'HG21' : '1HG2' , 'HD1' : '1HD1' , 'HD2' : '2HD1' , 'HD3' : '3HD1' , } , } , 'LYS': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NZ' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NZ' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'NZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , 'HD1' : '3HD' , '1HE' : '3HE' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HG' : '3HG' , 'HZ1' : '1HZ' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HE3' : '3HE' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , 'HE1' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , } , } , 'LEU': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HD1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD1', 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD2', 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD11' : '1HD1' , 'HD12' : '2HD1' , 'HD13' : '3HD1' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD23' : '3HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'MET': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'SD' : { 'symbol' : 'S' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'SD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE' , 'SD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HE' , 'CE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE3' : '3HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HG' : '3HG' , 'HE1' : '1HE' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ASN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'ND2' : { 'symbol' : 'N' , } , 'OD1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'ND2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD2', 'ND2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD21' : '1HD2' , 'HD22' : '2HD2' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'PRO': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CB' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HD' : '3HD' , '1HG' : '3HG' , '1HB' : '3HB' , 'HG1' : '3HG' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'GLN': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE2' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OE1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OE1' , 'CD' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'NE2' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE2', 'NE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : '3HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HG3' : '3HG' , 'HB1' : '3HB' , 'HE21' : '1HE2' , 'HE22' : '2HE2' , '1HG' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'ARG': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH2' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HG' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NH1' : { 'symbol' : 'N' , } , '3HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'NE' : { 'symbol' : 'N' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HH2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HD' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE' , 'CD' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HE' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'NE' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH1' , 'CZ' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH1', 'NH1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NH2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HH2', 'NH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , '1HG' : '3HG' , '1HD' : '3HD' , 'HH12' : '2HH1' , 'HH21' : '1HH2' , 'HH22' : '2HH2' , 'HG1' : '3HG' , 'HH11' : '1HH1' , 'HG3' : '3HG' , 'HG2' : '2HG' , '1HB' : '3HB' , 'HD1' : '3HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HD3' : '3HD' , } , } , 'SER': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG' : { 'symbol' : 'O' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HG' , 'OG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : 'HG' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HB2' : '2HB' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'THR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OG1' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'OG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG' , 'OG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG1' : '1HG' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'VAL': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CG2' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG1' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG1' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HG2' : { 'symbol' : 'H' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG1' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG1', 'CG1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG2' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HG2', 'CG2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HG22' : '2HG2' , 'HG12' : '2HG1' , 'HG13' : '3HG1' , 'HG23' : '3HG2' , 'HG11' : '1HG1' , 'HG21' : '1HG2' , } , } , 'TRP': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , 'NE1' : { 'symbol' : 'N' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ3' : { 'symbol' : 'C' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE3' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CH2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HH' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CZ2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HZ' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'NE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'NE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ2' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HZ' , 'CZ2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CH2' , 'CZ2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HH' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ3' , 'CH2' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HZ' , 'CZ3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE3' , 'CZ3' ) : { 'order' : 2 , } , ( '3HE' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE3' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CD2' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HZ3' : '3HZ' , '1HZ' : '3HZ' , 'HZ2' : '2HZ' , 'HD1' : '1HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE3' : '3HE' , 'HH2' : '2HH' , '1HB' : '3HB' , } , } , 'TYR': { 'atoms' : { 'N' : { 'symbol' : 'N' , } , 'O' : { 'symbol' : 'O' , } , 'HA' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CA' : { 'symbol' : 'C' , } , 'H' : { 'symbol' : 'H' , } , 'OXT' : { 'symbol' : 'O' , } , 'C' : { 'symbol' : 'C' , } , '2HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HE' : { 'symbol' : 'H' , } , '2HB' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HD' : { 'symbol' : 'H' , } , '1HE' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CE1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD1' : { 'symbol' : 'C' , } , 'HH' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CZ' : { 'symbol' : 'C' , } , '3HB' : { 'symbol' : 'H' , } , 'CG' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CB' : { 'symbol' : 'C' , } , 'OH' : { 'symbol' : 'O' , } , 'CE2' : { 'symbol' : 'C' , } , 'CD2' : { 'symbol' : 'C' , } , } , 'bonds' : { ( 'N' , 'H' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'N' , 'CA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'HA' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'C' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'C' , 'O' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'C' , 'OXT' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( '3HB' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CG' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD1' , 'CG' ) : { 'order' : 2 , } , ( '1HD' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE1' , 'CD1' ) : { 'order' : 1 , } , ( '1HE' , 'CE1' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CZ' , 'CE1' ) : { 'order' : 2 , } , ( 'OH' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'HH' , 'OH' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CE2' , 'CZ' ) : { 'order' : 1 , } , ( '2HE' , 'CE2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CE2' ) : { 'order' : 2 , } , ( '2HD' , 'CD2' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CD2' , 'CG' ) : { 'order' : 1 , } , ( 'CA' , 'CB' ) : { 'order' : 1 , } , } , 'aliases' : { 'O1' : 'O' , 'O2' : 'OXT' , 'HN' : 'H' , 'OT' : 'OXT' , 'OT2' : 'OXT' , 'OT1' : 'O' , 'HB2' : '2HB' , 'HB3' : '3HB' , 'HB1' : '3HB' , 'HD1' : '1HD' , 'HD2' : '2HD' , 'HE1' : '1HE' , 'HE2' : '2HE' , '1HB' : '3HB' , } , } , }

modules/chempy/protein_residues.py (4,212 lines of code) (raw):